Memur Sen özelde; üyelerinin ortak ekonomik, sosyal, kültürel, özlük, mesleki, hak ve menfaatlerini korumayı ve geliştirmeyi genelde ise; ülkemizde cereyan eden her türlü haksızlık ve hukuksuzluğa karşı çıkmayı temel amaç sayar. Bu amaçların gerçekleştirilmesinde evrensel insan haklarına ve Anayasaya dayanan demokratik, laik, sosyal adalet ve hukuk devleti anlayışı içinde çalışır.
 
Konfederasyonun amaçlarına ulaşabilmesi için;
 
a- Sendika mensuplarına insan onuruna yaraşır bir hayat düzeyi sağlamak için elverişli ücret ve sosyal yardımlar ile daha iyi çalışma şartları ve mesleki saygınlık kazandırmayı,
 
b- Sendika Üyelerine tayin ve nakillerinde adaletli ve hukuka uygun davranılmasını,
 
c- Üye sendika mensuplarının en iyi biçimde bilgilendirilmelerini mesleklerinde ilerlemelerini sağlamayı ve aile fertlerinin, eğitim, sağlık, sosyal ve hayat şartlarının iyileştirilmesini ve geliştirilmesini, emeklilik, malullük, dul ve yetim kalma durumlarında gerekli koruma ve bakın tedbirlerinden faydalanabilmelerini,
 
d- İşverence mağdur edilmeleri halinde üye sendika mensuplarına maddi, hukuki ve sosyal yardımlar yapmayı,
 
e- Tüm sendika üyeleri arasında dayanışma, birlik ve beraberliği sağlamayı,
 
f- Üye sendikalar, kadın üye mensuplarının mesleki faaliyetlerinin kolaylaştırılmasına, temel insan hak ve hürriyetlerinden yararlanmalarına yardımcı olmayı,
 
g- Herkesin fırsat eşitliği içinde parasız eğitim ve öğretim hakkından faydalanmasını,
 
h- Dil, din, ırk, mezhep ve siyasi düşünce farkı gözetmeksizin sorumluluklarını bilen insanlar olarak yetişmesini toplumun adalet ve barış içinde yaşamasını, bu hususlarda yapılacak her türlü gayret ve çalışmalara destek vermeyi,
 
ı- Doğal hukuktan hareketle her türlü oligarşiye karşı çıkarak, katılımcı demokrasiye ulaşmayı,
 
i- Toplumsal meseleler karşısında sorumluluk bilinci ile düşüncelerini ortaya koymayı ve bunların mücadelesini yapmayı,
 
j- Grevli ve toplu sözleşmeli sendika hakkını elde etmeyi görev bilir.